Fuchs anses vara grundaren av ögatspatologiskaanatomi och skapat en samling av ögonsnitt[7]. Dessutom lade han den histologiska grunden för kliniska diagnoser och utvecklade nya kirurgiska metoder.
År 1887 grundade han tillsammans med Heinrich von Bamberger Wiener klinische Wochenschrift.[8]
Fuchs' plakett på Wiens universitets arkadgård är gjord av skulptören Josef Müllner. Fuchsgatan i Kritzendorf är namngiven efter honom. År 1886 antogs han som ledamot av den tyska vetenskapsakademien Leopoldina,[9] sedan 1921 har han varit hedersmedborgare i staden Wien.[10] Han blev hedersmedlem i Läkarförbundet i Wien 1927.[11]
Följande är uppkallade efter honom:
Fuchs syndrom I, speciell form av erytem exsudativum multiforme
Fuchs syndrom II eller Fuchs endoteldystrofi
Fuchs syndrom III eller Fuchs heterokrom iridocykolit
Fuchs fläck
Professorskollegiet vid medicinska universitetet i Wien, kritteckning av Olga Prager, Wien 1908–1910. Vid dekanus vid den medicinska fakulteten vid Universitetet i Wien. Edmund von Neusser, Siegmund Exner-Ewarten, Isidor Schnabel, Ferdinand Hochstetter, Alfons Edler von Rosthorn, Anton Weichselbaum, Leopold Schrötter von Kristelli, Heinrich Obersteiner, Julius Wagner-Jauregg, Viktor von Ebner-Rofenstein, Carl Toldt, Gustav Riehl, Ottokar von Chiari, Anton von Frisch, Ernst Fuchs, Anton Freiherr von Eiselberg, Hans Horst Meyer, Ernst Ludwig, Rudolf Chrobak, Theodor Escherich, Alexander Kolisko, Julius von Hochenegg, Arthur Schattenfroh, Carl von Noorden, Emil Zuckerkandl, Richard Paltauf, Gustav Gärtner, Leopold Oser, Josef Moeller, Alois Monti, Julius Mauthner, Viktor Urbantschitsch, August Leopold von Reuss, Adolf von Strümpell, Ernest Finger, Adolf Lorenz, Friedrich Schauta[12]
Die Ursachen und die Verhütung der Blindheit. Gekrönte Preisschrift. Herausgegeben durch die Society for the Prevention of Blindness in London. Bergmann, Wiesbaden 1885, (Digitalisat).
Lehrbuch der Augenheilkunde. Deuticke, Wien u. a. 1889, (Digitalisat; erschien in 18 Auflagen bis 1945, die letzten herausgegeben von Adalbert Fuchs).
Wie ein Augenarzt die Welt sah. Selbstbiographie und Tagebuchblätter. Herausgegeben von Adalbert Fuchs. Urban & Schwarzenberg, Wien 1946.
Karl Heinz Tragl: Geschichte der Gesellschaft der Ärzte in Wien seit 1838 als Geschichte der Medizin in Wien. Böhlau, Wien u. a. 2011, ISBN 978-3-205-78512-5, S. 254.
Karl Heinz Tragl: Geschichte der Gesellschaft der Ärzte in Wien seit 1838 als Geschichte der Medizin in Wien. Böhlau, Wien u. a. 2011, ISBN 978-3-205-78512-5, S. 266.
Marlene Jantsch: Fuchs Ernst. I: Neue Deutsche Biographie (NDB). Band 5, Duncker & Humblot, Berlin 1961, ISBN 3-428-00186-9, S. 677 f. (Digitalisat).
Fuchs Ernst. I: Österreichisches Biografer Lexikon 1815–1950 (ÖBL). Volume 1, Verlag der Österreichischen Akademie der Wissenschaften, Wien 1957, s. 378.
Gabriela Schmidt-Wyklicky: Ernst Fuchs (1851–1930) und die Weltgeltung der Wiener Ophthalmologischen Schule um 1900, eine biografische Dokumentation mit Ergänzungen und Erläuterungen. Verlag der Österreichischen Akademie der Wissenschaften, Wien 2021 (Sitzungsberichte, Österreichische Akademie der Wissenschaften, Philosophisch-historische Klasse; 907) (Veröffentlichungen zur Geschichte der Naturwissenschaften, Mathematik und Medizin; 69), ISBN 978-3-7001-8602-1. (Digitalisat: https://austria-forum.org/web-books/ernstfuchs00de2021isds)