Марко Ђоковић је средњи син Дијане и Срђана Ђоковића и млађи брат најбољег светског тенисера Новака Ђоковића. Марко има и млађег брата Ђорђа који се такође бави тенисом.
Са јуниорским такмичењима под окриљем ИТФ Марко је почео у септембру 2006. године, а већ наредне године почео је да се такмичи и у сениорској конкуренцији. Током јула 2007. учествовао је у квалификацијама за АТП турнир у Умагу (Хрватска), али је поражен у првом колу од шпанског тенисера Пабла Андухара са 0:2 (по сетовима 2:6, 1:6). На истом турниру заједно са братом Новаком одиграо је и један меч у конкуренцији дублова против француске комбинације Васелен/Монкур који су изгубили са 0:2 (по сетовима 5:7, 1:6).
Учествовао је на јуниорском Отвореном првенству Аустралије 2008, где је поражен у првом колу. Прву јуниорску титулу освојио је на турниру у Подгорици у августу 2008. победивши у финалу домаћег тенисера Љубомира Челебића. У јулу 2008. Ђоковић је добио специјалну позивницу за квалификације за турнир у Умагу, али је поново поражен у првом колу, овај пут од италијанског тенисера Франческа Пикарија. У септембру 2008. захваљујући специјалној позивници организатора учествовао је у главном жребу АТП турнира на Тајланду где је изгубио у првом колу од Финца Јарка Нијеминена са 0:2 (по сетовима 2:6, 0:6).[1]
До прве победе на АТП туру Марко је дошао на Отвореном првенству Србије у Београду 7. маја 2009. када је у конкуренцији дублова заједно са Србином Дарком Мађаровским (обојица на турниру учествовала са специјалним позивницама организатора) у првом колу победио у том тренутку други дубл на свету, српско-канадску комбинацију Зимоњић/Нестор са 2:1 (по сетовима 7:6, 2:6, 10:6).
Крајем фебруара 2012. захваљујући специјалној позивници организатора учествовао је у главном жребу Отвореног првенства Дубаија. Био је то његов први наступ на неком од турнира из категорије 500, а изгубио је у првом колу од тенисера из Казахстана Андреја Голубјева са 0:2 (по сетовима 3:6, 2:6).[2]