У октобру 2003. Агим Чеку је задржан на граничном прелазу Брник (аеродром Брник), где се често возио на релацији Приштина-Брник јер му жена живи у Хрватској. Гранична полиција га је идентификовала преко Интерполове потернице и притворила у затвор у Радовљици. Након хапшења словеначком министру спољних послова стиже писмо посебног представника Уједињених нација са Косова Харија Холкерија, који је у писму министру упозорио да је Косово под јурисдикцијом Уједињених нација. Српски министар правде Владан Батић је тражио његово изручење али је Словенија Чекуа пустила из затвора због међународних притисака.[1][2]
У Србији је оптужен за бројне ратне злочине почињене на ратиштима у Хрватској и на Космету због чега је 2004. био задржан у Мађарској. Пуштен је након интервенције представника УН.
Дана 7. маја 2009, Чеку је у Паризу потврдио да је протеран из Колумбије, где је био накратко ухапшен по захтеву за испоручење у Србију, а потом пуштен пошто по тамошњем закону за дела почињена пре 2005. није могуће задржавање и изручивање страних држављана.[3]
Дана 24. јуна 2009. био је задржан на граничном прелазу Гјуешево (буг. ), из Македоније у Бугарску.[4] У Бугарску је ишао по позиву бившег министра спољашњих послова Соломона Пасија[5] Првобитни 24-часовни притвор му је продужен на 72 часа, а Србија је од Бугарске затражила његово изручење.[6][7]