класификацији ови језици су дељени на две основне (географске) групе: Јужнохалмахерски језици (дуж југоисточне обале острва Халмахера (већина језика) и
Trans–novogvinejski jezici (TNG) je velika porodica papuanskih jezika koji se govore na Novoj Gvineji i susednim ostrvima. Moguće je da je to treća jezička
тунгуско-манџурску). Којсански и андамански језици се понекад такође класификују у више одвојених језичких породица (којсански језици у три, а андамански у две одвојене
лексички докази, сматра се да су неаустронезијски језици Тимора повезани са језицима који се говоре у Халмахери и Западној Новој Гвинеји. Неки су толико измешани