Tártu je drugo največje mesto v Estoniji, po estonski politični in finančni prestolnici Talinu. Je 186 kilometrov jugovzhodno od Talina in 245 kilometrov severovzhodno od Rige, glavnega mesta Latvije. Od poletne počitniške prestolnice Estonije Pärnu na zahodu je oddaljen 176 kilometrov, najhitrejša pot z avtom pa je skozi Viljandi in Kilingi-Nõmme. Tartu leži ob reki Emajõgi, ki povezuje dve največji estonski jezeri, Võrtsjärv in Čudsko jezero. Mesto ima letališče Tartu.