s HIV-om. Trimetoprim povzroča podobne neželene učinke kot sulfonamidni antibiotiki. Najpogosteje se pojavijo siljenje na bruhanje, bruhanje in izpuščaj
PABA v folat, sulfonamidi pa s PABA tekmujejo za vezavo na ta encim. Trimetoprim, ki se pogosto kombinira s sulfametoksazolom, pa zavira naslednjo stopnjo
bakterijskih okužbah: v kombinaciji s trimetoprimom (kotrimoksazol = trimetoprim + sulfametoksazol) pri zdravljenju okužbe z bakterijo Pneumocystis carinii
usta in intravensko. Pogosti neželeni učinki kotrimoksazola so slabost, bruhanje, izpuščaj in driska. Pride lahko tudi do hudih preobčutljivostnih reakcij