Mesto Bratislava v roku 1996 ukončilo prenájom budovy odborom dopravného podniku a zadarmo ju prenajalo Stoke.
Zhruba od polovice deväťdesiatych rokov čelila Stoka problémom hlavne s nedostatkom peňazí a výraznejšej podpory od mesta a štátu.
V roku 1997 bola v priestoroch Stoky otvorená krčma, z ktorej sa financovala činnosť divadla.
V roku 2000 sa súbor rozpadol. Odišiel Jozef Chmel, Vlado Zboroň, Ľubo Burgr, Zuzana Piussi, Ingrid Hrubaničová a neskôr Laco Kerata. Z pôvodných členov ostal Blaho Uhlár, Erika Lásková a Lucia Piussi. Divadlo prijalo nových členov. V divadle začala pravidelne vystupovať hudobná skupina Živé kvety.
V roku 2006 divadlo Stoka prišlo o priestory na Pribinovej ulici.
Kolaps (prvé predstavenie) - malo 75 repríz.
Impasse (hrané do roku 1999) malo 106 repríz.
Eo Ipso
Monodrámy (hrané do roku 2000)
Dno (hrané do roku 2000)
Gala alebo kto rozjebal Betlehem (hrané do roku 2006)
Z diaľky (hrané do roku 2006)
Komisia (hrané do roku 2006)
Strata (hrané do roku 2006)
Dosky 98: Cena za najlepšiu réžiu sezóny: Blaho Uhlár za inscenáciu Tváre