Окончил Петербургское строительное училище (1855) году со званием гражданского инженера. Имя Никифорова было занесено на мраморную доску как «отличнейшего» выпускника. С 1858 (?) года служил архитектором 3-го отделения IV Округа путей сообщения и публичных зданий. В 1863—1880 годах являлся архитектором Московского университета. С 1882 года работал архитектором Московского учебного округа. С 1867 года служил архитектором при Городской распорядительной думе. В 1872—1873 годах работал московским участковым архитектором. В 1887—1891 годах входил в Комиссию по возведению клинических зданий на Девичьем поле. Исполнял обязанности архитектора Московского технического училища (1892—1894). В 1881—1910 годах архитектор жил в собственном доме в Колымажном переулке, 9[2][3].
В числе работ Александра Алексеевича Никифорова[2]:
Жилой дом М. П. Арсеньевой, (1876, Москва, Трубниковский переулок, 21), объект культурного наследия регионального значения;
Анатомический корпус Московского университета (1877, Москва, Моховая улица, 11, строение 8), объект культурного наследия регионального значения;
Работы в главном доме городской усадьбы И. А. Пупырникова — Я. В. Сукачева (1878, Москва, Большой Кисельный переулок, 5, строения 1—2), ценный градоформирующий объект;
Перестройка городской усадьбы А. Я. Радонежской под собственный дом (1880-е, Москва, Колымажный переулок, 9, строение 2), ценный градоформирующий объект;
Усадьба Зотовых — Д. П. Горихвостова — С. П. Патрикеева «Белые столбы» (Козьмодемьянское), совместно с архитектором Ф. О. Шехтелем (1907—1908, Москва, Правобережная улица, 5), объект культурного наследия федерального значения;
Среди его работ также числятся:
Пристройки к церкви Адриана и Натальи (1881, Москва, Мещанская улица), не сохранились;
Историческая записка о деятельности Московского архитектурного общества за первые тридцать лет его существования.— М.: Лито-типография О. В. Шейвель, 1897.— С.4.
Зодчие Москвы времени эклектики, модерна и неоклассицизма (1830-е — 1917 годы): илл. биогр. словарь / Гос. науч.-исслед. музей архитектуры им. А.В.Щусева и др.— М.: КРАБиК, 1998.— С.184—185.— 320с.— ISBN 5-900395-17-0.