40S рибосомный белок S28

40S рибосомальный белок S28 (англ. 40S ribosomal protein S28; RPS28)) — рибосомальный белок, продукт гена человека RPS28^[5][6][7].

40S рибосомный белок S28
Доступные структуры PDB Поиск ортологов: PDBe RCSB Список идентификаторов PDB 4UG0, 4V6X, 5A2Q, 5AJ0, 3J7P, 4KZX, 4UJE, 4KZY, 4D5L, 4KZZ, 3J7R, 4UJD, 5FLX, 4D61, 4UJC
Идентификаторы
Псевдонимы	RPS28, S28, DBA15, ribosomal protein S28, eS28
Внешние ID	OMIM: 603685 MGI: 1859516 HomoloGene: 68150 GeneCards: RPS28
Расположение гена (человек) Хр. 19-я хромосома человека[1] Локус 19p13.2 Начало 8,321,158 bp[1] Конец 8,323,340 bp[1]
Расположение гена (Мышь) Хр. 17-я хромосома мыши[2] Локус 17|17 B1 Начало 34,038,001 bp[2] Конец 34,043,536 bp[2]
Паттерн экспрессии РНК Bgee Человек Мышь (ортолог) Наибольшая экспрессия в mucosa of transverse colon stromal cell of endometrium skin of abdomen olfactory zone of nasal mucosa right uterine tube body of pancreas Наибольшая экспрессия в ventricular zone dentate gyrus of hippocampal formation granule cell Дополнительные справочные данные BioGPS н/д
Генная онтология Молекулярная функция structural constituent of ribosome связывание с белками плазмы RNA binding Компонент клетки цитозоль рибосома внутренний компонент клетки small ribosomal subunit экзосома нуклеоплазма cytosolic small ribosomal subunit цитоплазма эндоплазматический ретикулум шероховатый эндоплазматический ретикулум polysomal ribosome cytoplasmic side of rough endoplasmic reticulum membrane Биологический процесс ribosome biogenesis viral transcription SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane translational initiation нонсенс-опосредованный распад ribosomal small subunit biogenesis ribosomal small subunit assembly maturation of SSU-rRNA Биосинтез белка rRNA processing cytoplasmic translation Источники: Amigo, QuickGO
Ортологи Вид Человек Мышь Entrez 6234 54127 Ensembl ENSG00000233927 ENSMUSG00000067288 UniProt P62857 P62858 RefSeq (мРНК) NM_001031 NM_016844 NM_001355384 RefSeq (белок) NP_001022 NP_058540 NP_001342313 Локус (UCSC) Chr 19: 8.32 – 8.32 Mb Chr 17: 34.04 – 34.04 Mb Поиск по PubMed Искать[3] Искать[4]
Информация в Викиданных
Смотреть (человек) Смотреть (мышь)

Функции

Рибосомы, органеллы, катализирующие белковый синтез, состоят у эукариот из малой 40S субъединицы и большой 60S субъединицы, названных так по их коэффициентам седиментации. В сумме две субъединицы включают 4 вида РНК и около 80 структурных белков. Белок RPS28 является компонентом малой 40S субъединицы. Белок локализуется в цитоплазме клетки и принадлежит к семейству рибосомальных белков S28E. Существуют многочисленные псевдогены гена RPS28, распределённые в геноме, что характерно для генов рибосомальных белков^[7].

Структура

RPS28 состоит из 69 аминокислот, молекулярная масса 6,8 кДа. В малой 40S субъединице рибосомы взаимодействует с 5 отдельными белками.

Патология

Мутации белка RPS28 могут приводить к анемии Даймонда-Блекфена 15-го типа, наследственному заболеванию системы крови, при котором нарушается формирование эритроцитов. как правило, проявляется в раннем детстве. Характеризуется от умеренной до сильной макроцитарной анемией, эритробластопенией и повышенным риском развития новообразований. В 30-40% случаев анемия Даймонда-Блекфена приводит также к низкому росту, наследственным физическим деформациям, в первую очередь недоразвитие верхней челюсти, синдром Робена, аномалии развития большого пальца и мочеполовой системы.

См. также

• 40S рибосомальный белок S19
• 60S рибосомальный белок L12

Литература

• Wool I. G., Chan Y. L., Glück A. Structure and evolution of mammalian ribosomal proteins. (англ.) // Biochem. Cell Biol.^[англ.] : journal. — 1996. — Vol. 73, no. 11—12. — P. 933—947. — doi:10.1139/o95-101. — PMID 8722009.
• Vladimirov S. N., Ivanov A. V., Karpova G. G., etal. Characterization of the human small-ribosomal-subunit proteins by N-terminal and internal sequencing, and mass spectrometry (англ.) // Eur. J. Biochem.^[англ.] : journal. — 1996. — Vol. 239, no. 1. — P. 144—149. — doi:10.1111/j.1432-1033.1996.0144u.x. — PMID 8706699.
• Yoshihama M., Uechi T., Asakawa S., etal. The human ribosomal protein genes: sequencing and comparative analysis of 73 genes (англ.) // Genome Res. : journal. — 2002. — Vol. 12, no. 3. — P. 379—390. — doi:10.1101/gr.214202. — PMID 11875025. — PMC 155282.
• Strausberg R. L., Feingold E. A., Grouse L. H., etal. Generation and initial analysis of more than 15,000 full-length human and mouse cDNA sequences (англ.) // Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America : journal. — 2003. — Vol. 99, no. 26. — P. 16899—16903. — doi:10.1073/pnas.242603899. — PMID 12477932. — PMC 139241.
• Gerhard D. S., Wagner L., Feingold E. A., etal. The status, quality, and expansion of the NIH full-length cDNA project: the Mammalian Gene Collection (MGC) (англ.) // Genome Res. : journal. — 2004. — Vol. 14, no. 10B. — P. 2121—2127. — doi:10.1101/gr.2596504. — PMID 15489334. — PMC 528928.
• Yu Y., Ji H., Doudna J. A., Leary J. A. Mass spectrometric analysis of the human 40S ribosomal subunit: native and HCV IRES-bound complexes (англ.) // Protein Sci.^[англ.] : journal. — 2005. — Vol. 14, no. 6. — P. 1438—1446. — doi:10.1110/ps.041293005. — PMID 15883184. — PMC 2253395.
• Stelzl U., Worm U., Lalowski M., etal. A human protein–protein interaction network: a resource for annotating the proteome (англ.) // Cell : journal. — Cell Press, 2005. — Vol. 122, no. 6. — P. 957—968. — doi:10.1016/j.cell.2005.08.029. — PMID 16169070.
• Rual J. F., Venkatesan K., Hao T., etal. Towards a proteome-scale map of the human protein–protein interaction network (англ.) // Nature : journal. — 2005. — Vol. 437, no. 7062. — P. 1173—1178. — doi:10.1038/nature04209. — PMID 16189514.
• Kimura K., Wakamatsu A., Suzuki Y., etal. Diversification of transcriptional modulation: large-scale identification and characterization of putative alternative promoters of human genes (англ.) // Genome Res. : journal. — 2006. — Vol. 16, no. 1. — P. 55—65. — doi:10.1101/gr.4039406. — PMID 16344560. — PMC 1356129.
• Ewing R. M., Chu P., Elisma F., etal. Large-scale mapping of human protein–protein interactions by mass spectrometry (англ.) // Mol. Syst. Biol.^[англ.] : journal. — 2007. — Vol. 3, no. 1. — P. 89. — doi:10.1038/msb4100134. — PMID 17353931. — PMC 1847948.

Примечания

1. GRCh38: Ensembl release 89: ENSG00000233927 - Ensembl, May 2017
2. GRCm38: Ensembl release 89: ENSMUSG00000067288 - Ensembl, May 2017
3. Ссылка на публикацию человека на PubMed:  (неопр.) Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
4. Ссылка на публикацию мыши на PubMed:  (неопр.) Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
5. Hori N., Murakawa K., Matoba R., Fukushima A., Okubo K., Matsubara K. A cDNA sequence of human ribosomal protein, homologue of yeast S28 (англ.) // Nucleic Acids Res : journal. — 1993. — November (vol. 21, no. 18). — P. 4394. — doi:10.1093/nar/21.18.4394. — PMID 8415000. — PMC 310080.
6. Kenmochi N., Kawaguchi T., Rozen S., Davis E., Goodman N., Hudson T. J., Tanaka T., Page D. C. A map of 75 human ribosomal protein genes (англ.) // Genome Res : journal. — 1998. — August (vol. 8, no. 5). — P. 509—523. — doi:10.1101/gr.8.5.509. — PMID 9582194.
7. Entrez Gene: RPS28 ribosomal protein S28  (неопр.).