Появился в 2006 году с целью выделения особой области использования и охраны водных объектов рек бассейна Лены, Яны и Индигирки и связанных с ним подземных водных объектов.
Подразделы Ленского бассейнового округа выделяются цифровым кодом 18.
18.01.00.001 — Реки бассейна моря Лаптевых (включая р. Анабар) от восточной границы бассейна р. Тикян-Юрях на западе до границы бассейна р. Оленёк на востоке
18.01.00.100 — Острова моря Лаптевых в пределах внутренних морских вод и территориального моря РФ, прилегающего к береговой линии гидрографической единицы 18.01.00 (вкл. о-в Большой Бегичев)
18.04.03.002 — Яна от впадения р. Адыча до устья без р. Бытантай
18.04.03.003 — Реки бассейна моря Лаптевых от границы бассейна р. Лена на западе до границы бассейна р. Яна на востоке
18.04.03.004 — Реки бассейна моря Лаптевых от границы бассейна р. Яна на западе до границы бассейна Восточно-Сибирского моря (мыс Святой Нос) на востоке
18.05.00.001 — Индигирка от истока до впадения р. Нера
18.05.00.002 — Индигирка от впадения Неры до впадения Момы
18.05.00.003 — Индигирка от впадения Момы до в/п Белая Гора
18.05.00.004 — Индигирка от в/п Белая Гора до устья
18.05.00.005 — Реки бассейна Восточно-Сибирского моря от мыса Святой Нос на западе до границы бассейна р. Индигирка на востоке
18.05.00.100 — Острова в пределах внутренних морских вод и территориального моря РФ, прилегающего к береговой линии гидрографической единицы 18.05.00 (вкл. Новосибирские острова)
18.06.00.001 — Реки бассейна Восточно-Сибирского моря (вкл. р. Алазея) от границы бассейна р. Индигирка на западе до границы бассейна р. Колыма на востоке