Железнодорожная сеть в Москве представлена десятью основными направлениями с девятью вокзалами (с восьми вокзалов осуществляется как пригородное, так и дальнее сообщение, два вокзала (Савёловский и Рижский) обслуживают только пригородные перевозки), Московской окружной железной дорогой (малым кольцом), частью Большого кольца МЖД, несколькими соединительными ветвями и рядом ответвлений, в основном однопутных, относительно небольшой длины, основная часть из которых полностью находится в черте города.
В 1990-е — 2000-е годы ряд железнодорожных веток, обслуживавших промышленные предприятия, был закрыт в связи с выводом этих предприятий из города или серьёзным сокращением объёмов производства.
Алексеевская соединительная ветвь — 11 км от Курского до Белорусского вокзала с промежуточной станцией Каланчёвская и тремя остановочными пунктами. Имеет соединение с путями Рижского и Савёловского направлений. По ветви есть пассажирское движение.
Бирюлёвская соединительная ветвь (Курского и Павелецкого направлений) — 4 км от Царицыно до Бирюлёва-Товарного. Используется пассажирскими поездами, следующими с юга (Ростов — Воронеж — Мичуринск) на главный ход Октябрьской ж.д. (Санкт-Петербург, Мурманск) и обратно транзитом через Москву.
Соединительная ветвь Казанского/Рязанского и Горьковского направлений — 2 км между станциями Перово и Кусково, частично демонтирована.
Ветви на станцию Москва-Южный порт от станции Люблино Курского направления и станции Угрешская Малого кольца МЖД.
Электрозаводская ветка — 3,8 км от станции Черкизово Малого кольца до Электрозавода (МЭЛЗ, АТЭ). До конца 1980-х годов была электрифицирована по трамвайному типу.
Подъездной путь ТЭЦ-23 — 3,1 км от станции Черкизово Малого кольца. Есть ответвления, в том числе на Черкизовский завод Метростроя.
Подъездной путь к Московскому коксогазовому заводу («Москокс») в городе Видное, с промышленной станцией Обменная на территории Москвы.
Подъездной путь станции Медведково ППЖТ «Промжелдортранс».
Ховринская ветка с промышленной станцией Бусиново (в том числе подъездной путь ТЭЦ-21 и ТЭЦ-28).
Очаковская ветка (в том числе подъездной путь ТЭЦ-25).
Тушинская ветка (подъездной путь ММПО им. Чернышева).
Усовская ветка (с 1926 года), начинается от станции Кунцево-1 Белорусского направления (отделяясь от основного хода у платформы Рабочий Посёлок). На территории Москвы находится 2,3 км этой ветки со станцией Кунцево-2 (пассажирское движение), а также 0,9 км ответвления пути на территории Рублёва с одноимённой грузовой станцией.
Линия Нижегородского вокзала (1861—1950-е годы). В 1861—1896 годы использовалась для отправления поездов на Владимир и Нижний Новгород, с 1896 — товарная станция. Ликвидирована в 1950-х годах в результате застройки района.
Ветка к Свердловскому плодоовощному объединению, проходила между Бескудниково и Дегунино[4].
Бескудниковская ветка (1900—1987) длиной 8,5 км соединяла станции Бескудниково Савёловского направления и Лосиноостровская Ярославского направления, закрыта летом 1987 года.
Разобранный участок Краснобогатырской веткиБывшая станция «Октябрьские казармы»
Брянская соединительная ветвь (1907—1998) полной длиной 7,2 км соединяла пути Белорусского и Киевского направлений между станциями Москва-Товарная-Смоленская (первоначально от Брянского поста) и Москва-Пассажирская-Киевская. От неё существовало ответвление к пивоваренному заводу имени Бадаева (1,7 км) вдоль набережной Тараса Шевченко.
Ветка Очаково — Очаково-2 (1949—2006) имела длину 5,4 км (почти половина параллельно основным путям Киевского направления вплоть до платформы Матвеевская). Существовало ответвление к МГУ со станцией Ленгоры (использовалось при строительстве высотки университета в 1949—1953 годах, позже предприятиями, закрыто в 2002 году) длиной 3,2 км (считая от горловины станции Очаково-2). Закрыта в связи с выводом обслуживаемых веткой предприятий и строительством новых корпусов МГУ и жилых зданий.
Лизинская ветка (1915—1950-е годы). Грузовая станция Лизино использовалась несколькими предприятиями Симоновской слободы (сейчас — Даниловский район), в том числе заводом «Динамо» и ЗИЛ.
Краснобогатырская ветка (построена, вероятно, в 1910-х, закрыта в 2006 году) — первоначально имела длину около 5 км и заканчивалась на территории завода «Изолит», проходя по мосту через реку Яузу и пересекая улицу Богородский Вал напротив современного здания Мосгорсуда. Участок от завода «Красный богатырь» до завода «Изолит» был разобран в конце 1960-х годов. Оставшийся участок ветки длиной 2,7 км соединял завод «Красный богатырь» со станцией МК МЖД Белокаменная. На начало 2007 года недействующий путь сохранялся примерно на половине длины ветки.
Канатчиковская ветка (1918—1998), отходила от станции «Канатчиково» Окружной железной дороги к заводу «Красный пролетарий» и институту ЭНИМС. Часть путей была ликвидирована при застройке района улицы Вавилова в 1950-х, использование оставшихся было прекращено в 1998 году, вскоре они были демонтированы.
Октябрьская ветка до станции Октябрьские Казармы, ответвление — подъездной путь ММЗ «Знамя труда» (построена в начале XX века, в основном демонтирована в 2004—2006 годах, оставшийся участок на 2-м Хорошёвском проезде демонтирован в апреле 2013 года).
Подъездной путь ситценабивной фабрики в Кожевниках (закрыт в 2002). Ответвление в начале Павелецкой железной дороги, не использовался с конца 1990-х.
Подъездной путь совхоза «Коммунарка» (построен, вероятно, в конце 1950-х, не использовался с конца 1970-х, окончательно заброшен в конце 1980-х).
Подъездной путь от станции Белокаменная к объекту «Арсенал-59». Пролегает по национальному парку «Лосиный остров». Не используется с 2014 года.
