С. М. Гончаров — потомок известной дворянской семьи Гончаровых. Его прадед Н. А. Гончаров являлся отцом Н. Н. Пушкиной. С. М. Гончарову принадлежала родовая усадьба Гончаровых в Большом Палашёвском переулке, перестройка которой стала одной из первых самостоятельных работ архитектора[1].
С 1879 по 1886 годы учился Московском училище живописи, ваяния и зодчества (МУЖВЗ), окончив его со званием классного художника архитектуры. По всей видимости, выполнять заказы начал ещё в период обучения — в 1911 году Гончаров праздновал 25-летие своей архитектурной деятельности[2]. После окончания училища был назначен участковым архитектором. С 1894 года состоял почётным старшиной при Московском совете детских приютов с обязанностью бесплатно выполнять архитектурные работы по приютам. С 1895 года — почётный старшина Долгоруковского приюта[3]. В 1898—1904 годах служил техником Строительного отделения Московского Губернского Правления[4]. Имел собственную архитектурную контору, в которой работал архитектор С. Д. Кучинский. После октябрьской революции имел лишь случайные архитектурные заказы[1].
Гончаров серьёзно увлекался живописью, что выразилось в декоративности многих его построек. Отец художницы Н. С. Гончаровой[1]. С 1910 года жил в собственном доме в Трёхпрудном переулке, 2[3].
Отделка Аукционного зала Общества Сельских хозяев и ресторана при нём (1901, Москва);
Выставочное здание с манежем для конных аукционов Хемледельческой школы Императорского Общества сельского хозяйства (1902, Москва, Земледельческий переулок, 20), перестроено;
Архитекторы и инженеры строительных отделений губернских и областных правлений России и городовые архитекторы// Архитектурные мотивы.— 1901.— № 9.— С. 37.
Зодчие Москвы времени эклектики, модерна и неоклассицизма (1830-е — 1917 годы): илл. биогр. словарь / Гос. науч.-исслед. музей архитектуры им. А.В.Щусева и др.— М.: КРАБиК, 1998.— С.81—82.— 320с.— ISBN 5-900395-17-0.
Московская энциклопедия/С. О. Шмидт.— М.: Издательский центр «Москвоведение», 2007.— Т.I, Книга 1.— С.419.— 639с.— 10 000 экз.— ISBN 978-5-903633-01-2.