1960—1964: Создание Вычислительного центра (ВЦ) в Государственном союзном научно-исследовательском институте № 88 (ныне Центральный НИИ машиностроения Росавиакосмоса). На ВЦ и баллистическое подразделение НИИ-88 возлагаются функции баллистического центра отрасли — БЦ-2 (БЦ-1 — в Министерстве обороны, БЦ-3 — в Академии наук СССР). БЦ-2 начал участвовать в управлении космическими аппаратами (КА) с 1963 года.
1965—1972: Преобразование ВЦ в Координационно-вычислительный центр (КВЦ) с возложением на него задач по информационному обеспечению государственных комиссий, обработке и отображению информации при лётно-конструкторских испытаниях пилотируемых кораблей и автоматических станций, спутников научного и прикладного назначения. БЦ-2, вошедший в состав КВЦ, становится головным по автоматическим межпланетным станциям («Венера», «Марс») и спутникам прикладного и научного назначения («Метеор», «Протон», АУОС и др.), выполняет функции дублирующего БЦ по пилотируемым программам (корабли «Союз», станция «Салют»).
1973—1976: Создание на базе КВЦ Советского центра управления полётом с новым комплексом технических средств для обеспечения реализации совместного с США экспериментального проекта «Союз» — «Аполлон». Специалистами советского и американского ЦУПов проводится большая работа по согласованию терминологии, моделей движения КА, технической документации, организации взаимодействия двух ЦУПов. Обеспечивается управление модернизированными кораблями «Союз» в беспилотном и пилотируемом вариантах. БЦ ЦУПа становится головным по пилотируемым программам. ЦУП в Евпатории становится Запасным ЦУП[3]. В ЦУПе создаётся подразделение командно-программного обеспечения управления полётом. Совместный полёт пилотируемых кораблей «Союз-19» («СССР) и Аполлон» (США) с их стыковкой на орбите и взаимными переходами членов экипажей из корабля в корабль состоялся в июле 1975 года.
1977: Возложение на ЦУП задач по управлению полётами всех советских космических кораблей, пилотируемых орбитальных и автоматических межпланетных станций. Модернизация технических средств для обеспечения длительной работы с пилотируемыми орбитальными станциями.
1977—1982: Управление полётом орбитальной станции «Салют-6». На станции побывало 27 человек, в том числе 8 иностранных космонавтов. К станции совершил полёт и стыковался с ней 31 КА, в том числе 16 пилотируемых кораблей.
1982—1991: Управление полётом орбитальной станции «Салют-7». На станции побывал 21 человек, в том числе 2 иностранных космонавта. К станции совершили полёты и стыковались с ней 24 КА, в том числе 9 пилотируемых кораблей.
«1986—2001: Управление полётом орбитальной станции Мир». На станции побывало 104 человека, в том числе 62 иностранных космонавта. К станции совершили полёты и стыковались с ней 109 КА, в том числе 39 пилотируемых кораблей (из них 9 американских).
1987—1988: Создание методических, программных и технических средств в обеспечение управления универсальной ракетно-космической транспортной системой (УРКТС) «Энергия-Буран». Ввод в эксплуатацию Центра управления УРКТС «Энергия-Буран». Первый пуск ракеты-носителя «Энергия» состоялся в 1987 году, полёт корабля «Буран» — в 1988 году.
1991: Возложение на ЦУП нового направления работ по имитационному моделированию сложных систем для решения задач космической и других отраслей экономики.
1998 — по настоящее время: Завершение подготовки ЦУПа к управлению полётом Международной космической станции (МКС). Управление российским сегментом МКС. (модули «Заря» и «Звезда», американский сегмент — модули «Юнити», и «Дестини»). С ноября 2000 года МКС стала постоянно обитаемой
1999 — по настоящее время: Создание сектора управления КА социально-экономического и научного назначения (НСЭН). Впервые Главная оперативная группа управления сформирована на базе персонала ЦУПа. В том же году ЦУП приступил к управлению КА дистанционного зондирования Земли «Океан-О» (совместный проект России и Украины) и осуществлял управление КА «Метеор-3М» и Ресурс-ДК1.