Первое появление команды в верхних уровнях системы футбольных лиг Германии, а именно, южной группы Любительской лиги «Бавария», произошло в 1956 году, когда она выиграла четвёртое место 2-1 любительской лиги «Верхняя Бавария А» и прошли на высший уровень через промоционный раунд плей-офф[1]. После окончания своего первого сезона в этой лиге в середине турнирной таблицы, сезон 1957/58 окончен, в двух очках позади местного противника «Вакер» Мюнхен[2]. Достижение было повторено в сезоне 1960/61, когда команда окончила чемпионат на втором месте, уступив только дублю «Мюнхен 1860»[3].
Обе команды «Баварии» в момент образования Бундеслиги в 1963 году не смогли занять место, достаточное для попадания в желаемые дивизионы новосозданного чемпионата, и заняли место в Ландеслиге Бавария-Юг[4]; для того, чтобы занять место в Любительской лиге «Бавария», необходимо было занимать место не ниже седьмого, а команда в итоге завершила выступление на четырнадцатом.
Путь дальше наверх занял у команды ещё четыре года. Год за годом команда улучшала свои позиции, пока, наконец, в сезоне 1966/67 года, команда завершила чемпионат на первом месте и вернулась в Баварскую лигу[5]. Команда начала выступления в этой лиге хорошо, в первый игровой сезон в Баварской лиге окончив выступления на четвёртом месте. Однако после этого последовала череда неудач и в 1971 году Бавария II вновь вылетает[6].
На сей раз клубу потребовалось всего два года, чтобы вернуться на прежние позиции в третий дивизион страны, и очередная победа в чемпионате 1973 года позволила команде продвинуться вверх по системе лиг[7].
Бавария II.svg){kind=logo}
Лю Шаоцзян**
Рид
Лиам Моррисон[англ.]**
Уиган Атлетик
Санкт-Галлен
Гуидо Делла Ровере[англ.]
Роберт Дезиель-младший
Ли Хён Чу[англ.]**
Тайти Фукуи**
Портимоненсе
Лука Паркадзе**
Джона Куси-Асаре
Эмирхан Демирджан
Юсеф Каши
Нестори Иранкунда
Марко Попович**
Эммен
Ловро Звонарек
Давид Йонатанс[англ.]*
