La 26 ianuarie 2006, o controversă a izbucnit în săptămânalul maghiar Élet és Irodalom („Viața și literatura“). Revista afirma că Szabó ar fi fost „agent“ al poliției secrete a Republicii Ungare, pe vremea regimului Kádár. István Szabó a trebuit să scrie rapoarte cu privire la colegii săi foștii de la Universitatea de Artă Teatrală și Cinematografică (a scris 48 de astfel de rapoarte). Pus pe lista neagră pe temeiul unor dovezi compromițătoare, Szabó a fost forțat sa lucreze ca un „agent“ timp de doar un an după revolta de la Budapesta din 1956. Szabó a recunoscut faptele, a susținut că a făcut aceasta „pentru a-l salva de la spânzurătoare pe tovarășul său revoluționar Pál Gábor și pe sine însuși“. În februarie 2006, cu prilejul prezentării filmului său Rokonok, Koltai Lajos și patru din foștii studenți despre care a dat rapoarte, au ținut o conferință de presă pentru a povesti amintirile lor din Ungaria post-revoluționară din anii 1950 și au declarat că nu îi poartă pică în vreun fel lui Szabó.