São nomeados os melhores álbuns de música portuguesa editados dentro do espiríto que preside a este prémio - a referência à cultura e à história portuguesas, tal como a obra do músico José Afonso.
O júri constituído por António Moreira, vereador da Cultura da Câmara Municipal da Amadora, a pianista Olga Prats, o jornalista Carlos Pinto Coelho, o presidente da Sociedade Portuguesa de Autores, Manuel Freire, e o maestro António Vitorino de Almeida, decidiu não atribuir o Prémio José Afonso de 2006 a nenhuma obra a concurso, discos editados em 2005, por não ter encontrado mérito consonante com o prestígio do Prémio. Tal facto originou alguma polémica.
Em 2007 foi retomada a atribuição do prémio mas deixou de haver uma lista de álbuns candidatos. A partir de 2010, Carlos Pinto Coelho, entretanto falecido, foi substituído pelo compositor, musicólogo e professor Dr. Sérgio Azevedo.
1989 – Negro Fado - Vitorino |Espelho de Sons - Carlos Paredes | Amigos do Gaspar - Jorge Constante Pereira e Sérgio Godinho | A Regra do Fogo - Luís Cília | Cantar - Mafalda Veiga | Trovante Ao Vivo - Trovante
1990 – Aos Amores - Sérgio Godinho | Bairro do Amor - Jorge Palma | De Um Tempo Ausente - Sétima Legião (Nota: Não foi possível encontrar indicação de todos os trabalhos discográficos nomeados).
1993 – Eu Que Me Comovo Por Tudo e Por Nada - Vitorino | Mugica - Amélia Muge | Cantos de Outrora - Belaurora | Quinze Anos de Recriação da Música Popular Portuguesa - Brigada Victor Jara | Rock In Rio Douro - GNR | O Meu Bandolim - Júlio Pereira | Lisboa - Madredeus
1994 – Tinta Permanente - Sérgio Godinho | Meus Olhos Vão Pelo Mar - Concerto Atlântico (Dir. Pedro Caldeira Cabral) | Ser Maior (Uma História Natural) - Delfins | Lágrimas - Dulce Pontes | Modas - Ganhões De Castro Verde | Coisas Simples - Luís Portugal | Represas - Luís Represas | Palma's Gang - Palma's Gang | Histórias do Som - Toque De Caixa | Partes Sensíveis - Três Tristes Tigres
1995 – Traz Os Montes - Né Ladeiras | Todos Os Dias ... - Amélia Muge | Variações Inacabadas - António Portugal/António Brejo | Crónicas da Terra Ardente - Fausto | L' Amar - Filipa Pais | Raiano - Janita Salomé | Acústico - Julio Pereira | O Espírito da Paz - Madredeus | Amai - Paulo Bragança | Viagens - Pedro Abrunhosa & Bandemónio | Azuldesejo - Romanças
1996 – Maio Maduro Maio - José Mário Branco, Amélia Muge e João Afonso | Por Minha Dama - Ala Dos Namorados | Danças e Folias - Brigada Victor Jara | Uma Noite De Fados - Camané | Invasões Barbáras - Gaiteiros De Lisboa | O Feiticeiro do Vento - José Medeiros | Noites Passadas - Sérgio Godinho | Espanta Espíritos - Vários | A Canção do Bandido - Vitorino | Sanfonia - Realejo
1997 – Polas Ondas - Vai De Roda | Alma - Ala Dos Namorados | Margens - Carlos do Carmo | Na Corrente - Carlos Paredes | Cramol - Cramol | Atrás dos Tempos Vêm Tempos - Fausto | A Portuguesa - Isabel Silvestre| A Duas Mãos - Júlio Pereira e Kepa Junkera | A Cor da Fogueira - Mafalda Veiga | Rio Grande - Rio Grande | Ó Tambor - Rui Junior e O Ó Que Som Tem?
1998 – Bocas do Inferno - Gaiteiros De Lisboa | Memórias de Uma Guitarra - António Brojo | Outras Índias - Carlos Martins e Vasco Martins | Missangas - João Afonso | O Paraíso - Madredeus | Domingo no Mundo - Sérgio Godinho | Entre Nós e As Palavras - Os Poetas
2000 – O Primeiro Canto - Dulce Pontes | Novas Vos Trago - Amélia Muge, Sérgio Godinho, Brigada Victor Jara, Gaiteiros De Lisboa e João Afonso | Folha a Folha - Jorge Cravo | O Barco Voador - João Afonso | Cinefilias e Outras Incertezas - José Medeiros | Mafalda Arnauth - Mafalda Arnauth | Aqui - Marta Dias | Quarto Crescente - Quadrilha
2001 – Vozes do Sul - Vozes do Sul | Olhar do Passáro - Afonso Dias | Lisboa-Rio - António Chaínho | Por Sendas Montes e Vales - Brigada Victor Jara | Esta Coisa da Alma - Camané | Canções Para Titi - Carlos Paredes | Post-Scriptum - Cristina Branco | Dançachamas - Gaiteiros De Lisboa | Código Verde - Luis Represas | Alma Mater - Rodrigo Leão | Lupa - Sérgio Godinho
2002 – Jorge Palma - Jorge Palma | Pelo Dia Dentro - Camané | Afinidades - Clã e Sérgio Godinho | Corpo Iluminado - Cristina Branco | Rituais - Júlio Pereira | Fado Maior - Katia Guerreiro | Esta Voz Que Me Atravessa - Mafalda Arnauth | Ritual - Mísia | Da Minha Voz - Né Ladeiras | Amanhã - Orpheu | Alentejanas e Amorosas - Vitorino
2003 – Nove Fados e Uma Canção De Amor - Carlos do Carmo | Amonte - Amélia Muge | Ana Sofia Varela - Ana Sofia Varela | Zanzibar - João Afonso | Macaréu - Gaiteiros De Lisboa | Momento - Pedro Abrunhosa
2004 – À Porta do Mundo - Filipa Pais | At-Tambur - At-Tambur | Sensus - Cristina Branco | A Ópera Mágica do Cantor Maldito - Fausto Bordalo Dias | Tão Pouco e Tanto - Janita Salomé | Nas Mãos do Fado - Katia Guerreiro | Encantamento - Mafalda Arnauth | Memórias da Guitarra Portuguesa - Pedro Caldeira Cabral | Voluptuária - Ricardo Rocha | Terra de Abrigo - Ronda Dos Quatro Caminhos | O Irmão do Meio - Sérgio Godinho
2005 – Torna Viagem- Zeca Medeiros | Canções Subterrâneas - A Naifa | Apenas o Amores - Aldina Duarte | Resistir É Vencer - José Mário Branco | Estrela - José Peixoto + Filipa Pais | Ninguém nos Ganha nos Matraquilhos - Vitorino | Utopia - Vitorino e Janita Salomé cantam José Afonso [12]
2007 – Ceia Louca - Brigada Victor Jara
2008 – Senhor Poeta: Um Tributo a José Afonso - Frei Fado D'El Rei
2011 – Dois Selos e um Carimbo- Deolinda | As Vidas dos Outros - Anaquim | Guia – António Zambujo | Veículo Climatizado - Arrefole | De Amor e dos Dias – Camané | Signo Solar - Flor-de-Lis | Sétimo Fado - Joana Amendoeira | Graffiti - Júlio Pereira | Troubador - Lula Pena | Fado Tradicional - Mariza
