Não obstante, já no início da década de 1740, Batoni recebe suas primeiras encomendas independentes. Em 1741, associa-se à Accademia di San Luca. Sua célebre pintura Êxtase de Santa Catarina de Siena (1743), atualmente no Museo di Villa Guinigi, em Lucca, ilustra com perfeição o refinamento do estilo Barroco tardio. Outra obra-prima do período, A Queda de Simão Mago (Cleveland Museum of Art), foi inicialmente pintada para a Basílica de São Pedro.
A retratística de Batoni era altamente valorizada, principalmente por aristocratas britânicos de passagem por Roma, que frequentemente encomendavam retratos pomposos, dispostos em cenários repletos de antiguidades, ruínas e obras de arte (há registros de mais de 200 retratos de patronos britânicos pintados por Batoni). Suas obras se proliferaram nas coleções particulares inglesas, assegurando a popularidade do gênero no Reino Unido, onde Sir Joshua Reynolds seria seu principal expoente.
Casou-se duas vezes, com Caterina Setti, em 1729, e com Lucia Fattori, em 1747, e teve doze filhos - três dos quais tornaram-se assistentes do seu estúdio. De 1759 em diante, Batoni viveu em uma ampla residência na Via Bocca di Leone, em Roma, onde se localizava seu ateliê, além de galerias para expor suas obras e uma academia de desenho. Faleceu em Roma, em 1787.
Alegoria e História
(Em ordem cronológica)
A Virgem Maria entronizada com santos do Gabrielli di Gubbio família - (1732-1733), San Gregorio al Celio, Roma; e (1736), Gallerie dell'Accademia, Veneza
As cinco alegorias das artes - (1740) Stadelsches Kunstinstitut, Frankfurt am Main
Apollo and Two Muses - (1741) Museu do Palácio do Rei João III em Wilanów, Varsóvia
Catarina de Siena em Ecstasy - (1743) Museo di villa Guinigi, Lucca
Aquiles e Lycomedes - (1745) Uffizi, Florença
O tempo ordena que a velhice destrua a beleza - (1746) National Gallery, Londres
Queda de Simão Mago - (1746–1755) Basílica de São Pedro, Roma
Enéias fugindo de Tróia - (1750) Galeria Sabauda, Torino
Vulcan - (1750) Galeria Nacional do Canadá, Ottawa
Cleópatra mostra a Otaviano o busto de César - (1755) Musée des Beaux-Arts de Dijon
Martírio de Santa Lúcia - (1759) Real Academia de Belas Artes de San Fernando, Madrid
A Sagrada Família - (1760) Museu Capitolino, Roma
Diana e Cupido - (1761) Metropolitan Museum of Art, Nova York
Madonna - Igreja de Santa Maria em Monterone, Roma
Retratos
Retrato de um homem em um terno azul - (1760) Museu de Arte de Dallas
Retrato de Richard Milles - (1760-1770) National Gallery, Londres
Retrato de Humphry Morice - (1761) National Gallery, Londres
Retrato de Charles Crowle - (1761-1762) Louvre, Paris
Retrato de Lord Dundas - (1764) Aske Hall, Yorkshire, Inglaterra
Retrato de Manuel de Rodas - (1765) Real Academia de Belas Artes de San Fernando, Madrid
Retrato de Abbondio Rezzonico - (1766) Galleria Nazionale d'Arte Antica, Roma
Retrato de Sir Gregory Page Turner - (1768) coleção particular
Retrato de Leopold, Grão-duque da Toscana - (1768) coleção particular
Retrato de Thomas Estcourt, Esquire - (1772) Biblioteca John Hay, Brown University
Auto - retrato - (1773-1774) Uffizi, Florença
Retrato de Thomas William Coke - (1774) Holkham Hall, Norfolk, Inglaterra
Retrato de um homem (John Scott?) - (1770) National Gallery, Londres
Retrato de Pio VI - (1775-1776) Galeria Sabauda, Torino
Retrato de Douglas, 8º Duque de Hamilton - (1775–1776) Castelo Inveraray
Retrato de Francis Basset - (1778) Real Academia de Belas Artes de San Fernando, Madrid
Retrato de Francis Basset 1º Barão de Dunstanville - (1778) Museu do Prado, Madrid
Retrato de George Legge Visconde Lewisham - (1778) Museu do Prado, Madrid
Retrato do Papa Pio VI - (ca.1780) Castelo Real, Varsóvia
Retrato de Pierre André de Suffren - (c.1785)
Retrato da Condessa Maria Benedetta di San Martino - (1785) Museu Thyssen-Bornemisza, Madrid