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Exonucleases são enzimas que atuam na clivagem de nucleótideos a partir do final (exo) de uma cadeia polinucleotídica, eliminando um nucleotídeo por vez. Através de uma reação de hidrólise há a quebra de ligações fosfodiéster pela extremidade 3' ou 5'. Suas relativas próximas são as endonucleases, que clivam ligações fosfodiéster no meio (endo) de cadeias. Eucariotos e procariotos possuem três principais tipos de exonucleases involvidas na degradação natural do RNAm intracelular: exonucleases 5' - 3', que dependem de complexos decapadores (DCP2) que retiram o cap 5'; exonucleases 3' - 5' independentes; e uma específica à cauda Poli-A exonuclease 3' - 5'.
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Nos domínios Archea e Eukarya uma das principais rotas de degradação de RNA é realizada pelo complexo multiproteíco do exossoma, que consiste majoritariamente de 3' - 5' exoribonucleases.
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