A quantidade de música de Arriaga que sobreviveu até os dias atuais é muito pequena, refletindo sua morte precoce. Inclui:
Ópera: Arriaga escreveu uma ópera, Los esclavos felices ("Os Escravos Felizes"), em 1820 quando tinha quatorze anos. Foi produzido em Bilbau. Apenas a abertura e alguns fragmentos sobreviveram.
Sinfonia: Arriaga compôs uma Sinfonia em Ré para Grande Orquestra (Sinfonía a gran orquesta), que usa Ré maior e Ré menor tão igualmente que não está em nenhuma das tonalidades.
Quartetos de cordas: Aos 16 anos, Arriaga escreveu três brilhantes e idiomáticos quartetos de cordas que foram publicados em 1824 e foram as únicas obras dele publicadas durante sua vida.
Outras obras: Arriaga também escreveu o seguinte:
Um octeto, Nada y mucho marcou para Quarteto de Cordas, Baixo, Trompete, Violão e Piano.
Peças de música sacra: uma missa (perdida), Stabat Mater, Salve Regina, Et vitam venturi saeculi (perdida), cantatas (Agar, Erminia, All' Aurora, Patria)
Composições instrumentais: a nonet, Tres Estudios de Character para piano, La Húngara para violino e piano, Variações para Quarteto de Cordas e numerosos Romances
A música de Arriaga foi usada para criar uma ópera pasticcio, Die arabische Prinzessin. A obra foi encomendada pela Fundação Barenboim-Said à compositora Anna-Sophie Brüning e à autora Paula Fünfeck e baseia-se num conto árabe tradicional. A peça foi estreada sob o título Die Sultana von Cadiz pela West-Eastern Divan Orchestra da Fundação Barenboim-Said e coros infantis locais no Palácio Cultural, Ramallah em 14 de julho de 2009.[2] A editora musical Boosey & Hawkes lista mais corridas de performance em Leipzig (em 2011); em Bonn, Bilbao e Barañáin (em 2013); e em Madrid, Coburg e Linz (em 2014).[3]
Nada y mucho, para octeto (1817)
Abertura "Nonetto", Op. 1, para pequena orquestra (1818)
Marcha Militar, Op. 2, para banda (1819)
Hino "Ya luce..." ("Pátria"), Op. 3, para coro e orquestra (1819)
Hino "Nobres Cántabros...", Op. 4, para coro e orquestra (1819)
Romanza, para piano (1819)
Los esclavos felices, ópera em dois atos para solistas, coro e orquestra (1820) (perdido, apenas a abertura e os esboços sobreviveram)
Tema variado em quarto, Op. 17, para quarteto de cordas (1820)
Abertura em ré maior, Op. 20, para orquestra (1821)
Moteto "Stabat Mater", para dois tenores, baixo e orquestra (1821)
Moteto "O Salutaris", para dois tenores, baixo e orquestra (1821)
Variações sobre o tema da Húngara, Op. 22, para violino e baixo contínuo (1821)
Variações sobre o tema da Húngara, Op. 23, para quarteto de cordas (1822)
Aria de Beltrán, para tenor e orquestra (1822)
Três Estudos ou Caprichos, para piano (1822)
Moteto "O salutes hostia", para dois tenores, baixo contínuo e orquestra de cordas (1823)
Fuga em oito vozes "Et vitam venturi" (1823) (perdido)
Três Quartetos (1823)
Quarteto de cordas nº 1 em ré menor
Quarteto de cordas nº 2 em lá maior
Quarteto de cordas nº 3 em mi bemol maior
Sinfonia em ré maior, "Sinfonía a gran orquesta" (1824)
Cônego de Henneville (1824)
Missa a quatro vozes (1824) (perdida)
Salve Regina (1824) (perdido)
Médée, ópera para soprano e orquestra (1825) (inacabada, apenas a ária sobreviveu)
Ma tante Aurore (All' Aurora), duo para tenor, baixo contínuo e orquestra (1825)
Edipo, para tenor e orquestra (1825) (apenas a Aria de Polinicio sobreviveu)
Herminie, cantata para soprano e orquestra (1825)
Agar, cantata para soprano, tenor e orquestra (1825)
O salutaris Hostia. Stabat Mater dolorosa. Air d’Oedipe à Colone. Herminie. Air de Médée. Duo de Ma Tante Aurore. Agar dans le desert. Il Fondamento, Paul Dombrecht. Fuga Libera FUG515 2005
Juan Crisóstomo de Arriaga (1806–1826). The complete string quartets. La Ritirata – Josetxu Obregón. Glossa GCD923102, 2014
