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Jean Louis Émile Boudier (Garnay, 6 de janeiro de 1828 - Blois, 4 de fevereiro de 1920) foi um farmacêutico e micologista francês.
Em 1852 abraça a carreira de seu pai, farmacêutico e naturalista, brilhante micologista e entomologista, que lhe comunica a sua paixão pelas ciências naturais.
Diplomado como farmacêutico de primeira classe em 4 de maio de 1852, Émile Boudier funda a a farmácia do estabelecimento termal de Enghien-les-Bains em 1853. Mais tarde retoma a oficina paternal onde exercerá durante vinte e cinco anos até 1878, data em que se retira para dedicar-se às suas pesquisas científicas favoritas até à sua morte. Durante trinta anos dirigiu excursões micológicas semanais às florestas da região de Île-de-France, acompanhado por numerosos micologistas franceses e estrangeiros.
Antes apaixonado pela entomologia, na qual se notabiliza reunindo uma colecção importante, a sua segunda paixão revela-se no decurso de excursões com o micologista Joseph-Henri Léveillé (1796-1870), de quem tinha a sorte de ter por vizinho em Montmorency. Em 1854, contribui para a criação da Société botanique de France, à qual presidirá em 1901.
Em 1864 é eleito correspondente da Académie Nationale de Médecine que lhe concede o prémio Orfila pela sua memória Les Champignons au point de vue de leurs caractères usuels, chimiques et toxicologiques, a qual será publicada dois anos depois antes de ser traduzida para o alemão.
Em 1870, a pilhagem da sua colecção de insetos raros pelos alemães, incita-o a dedicar-se exclusivamente aos fungos.
Depois de publicar uma monografia dos Ascomycota (1868), dedica-se à renovação da sistemática dos Discomycetes, após ter descoberto a importância da deiscência dos ascos que o levará a dividir a subclasse dos Discomycetes em operculados e inoperculados. Reúne as suas observações em 1885 no seu Essai sur la classification des Discomycètes charnus, obra premiada com o prémio Desmazières, atribuído pela Académie des Sciences em 1887.
Em 1884, foi, juntamente com Lucien Quélet (1832-1899) e Antoine Mougeot (1815-1889), um dos fundadores da Société mycologique de France, a que presidirá de 1887 a 1890, antes de ser eleito presidente honorário, e depois presidente de honra em fevereiro de 1903. Em 1905, torna-se membro honorário da British Mycological Society e mais tarde correspondente da Académie des Sciences em 1908.
Segue-se a sua obra mais importante Les Discomycètes d'Europe (1907) e Histoire et classification des Discomycètes d’Europe (1909).
Paralelamente a estes trabalhos determinantes sobre a classificação e a mais de 90 publicações de sistemática, os seus talentos de aquarelista vão firmar a sua reputação à escala mundial, com a publicação do seu magnífico atlas com mais de 600 imagens, Icones mycologicae (6 volumes, 1904-1910).
A Faculdade de Farmácia da Universidade Paris Descartes dedicou-lhe um dos seus anfiteatros, mas o governo não reconhecerá os seus méritos até 1910, quando o nomeia cavaleiro da Legião de Honra.
Em 1917, com 89 anos, retira-se para Blois, donde publicará Dernières étincelles mycologiques.
Além dos géneros Boudiera e Boudierella, e de 86 espécies e subespécies boudieri que lhe foram dedicadas pelos micologistas, Boudier descreveu (exclusivamente sob o seu nome) os seguintes táxons:
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