Zatoka San Francisco − płytkie, rozległe estuarium przez cieśninę Golden Gate połączone z Pacyfikiem. Zatokę otaczają miasta: San Francisco, Oakland i San Jose oraz szereg innych miejscowości tworzących aglomerację San Francisco Bay Area. Zlewisko zatoki obejmuje około 40% powierzchni stanu Kalifornia w USA. Rzeki Sacramento i San Joaquin, wypływające z gór Sierra Nevada, wpadają do zatoki Suisun, przepływają przez cieśninę Carquinez i razem z rzeką Napa uchodzą do zatoki San Pablo. Łączy się ona na południu z zatoką San Francisco. Nazwa ta obejmuje często cały system zatok o łącznej powierzchni 4 200 km². Główna część zatoki ma od 5 do 20 km ze wschodu na zachód i od 77 do 100 km, w zależności od źródła, z północy na południe.