Universität Münster i Münster er med 43 000 studenter og omkring 120 fag et av de største universitetene i Tyskland, etter Universität zu Köln og Ludwig-Maximilians-Universität[trenger referanse]. Det ble åpnet i 1780. Universitetets bygninger er fordelt over hele byen; administrasjonen holder til på slottet i Münster. Ved siden av Westfälische Wilhelms-Universität finnes det flere høyskoler i Münster. Den senere pave Benedikt XVI var professor ved universitetet 1963–1966.