Tonnerre er en kommune i departementet Yonne i regionen Bourgogne-Franche-Comté øst i Frankrike. Byen ligger ca. 35 km øst for departementshovedstaden Auxerre. Stedet ligger langs elven Armançon ved Canal de Bourgogne. En liten havn, som nesten utelukkende benyttes av husbåter, ligger ved kanalen.