Mølleåen er ei elv øst på Sjælland i Danmark. Den har sitt utspring i Hettings Mose nord for Ganløse Eged, mellom Buresø og Bastrup Sø. Fra Bastrup Sø løper Mølleåen mot øst og passerer gjennom tre innsjøer: Farum Sø, Furesøen og Lyngby Sø. Den munner ut i Øresund vest for Nærum, og har en lengde på ca. 30 kilometer.