Lincolnsjøen er et havområde i Nordishavet, mellom Nordspissen av Grønland og Ellesmereøya. Grensa mot selve Nordishavet trekkes langs ei linje fra Kapp Morris Jessup på Grønland til Kapp Colombia på Ellesmereøya. Lincolnsjøen har forbindelse med Baffinbukta og Atlanterhavet gjennom Naresstredet.