Koudougou er en by i Burkina Faso. Byen ligger omtrent midt i landet og er hovedstaden i provinsen Boulkiemdé. Koudougou er den tredje største byen i landet, etter hovedstaden Ouagadougou og Bobo-Dioulasso. I 2006 hadde byen 131 825 innbyggere og mesteparten av innbyggerne er mossier.