Goodhue County er et fylke i den amerikanske delstaten Minnesota. Det ligger i de sørøstlige delene av staten og grenser mot Wabasha County og Olmsted County i sørøst, Dodge County i sørvest, Rice County i vest og mot Dakota County i nordvest. Det har også grense mot delstaten Wisconsin i nordøst der elven Mississippi utgjør en naturlig grense.