Flatsetøya er ei øy i Kristiansund kommune på Nordmøre i Møre og Romsdal fylke. Flatsetøya ligger rett sør for øya Frei, som den har bruforbindelse med via to bruer. Den eldste broen betjener lokaltrafikken og den nyere betjener RV 70. Sundet er meget grunt og lite trafikkert. Freifjordtunnelen og Riksvei 70 under fjorden; går fra Bergsøya til Flatsetøya. Øya har et areal på 1,06 km², og er dermed den fjerde største i kommunen. Det høyeste punktet; Storhaugen, ligger på 56 moh. Nordøst på øya har Flatsetsund småbåtlag sitt anlegg og marina.