Waigeo is een eiland in de Indonesische provincie West-Papoea. Het is 3155 km² groot en het hoogste punt is 1000 m. Waigeo is het noordelijkst gelegen eiland van de Raja Ampat Eilanden, gelegen ten westen van Nieuw-Guinea. De hoofdplaats van het eiland is Waisai. De evenaar loopt over het eiland Waigeo heen.