Het seizoen 2008–2009 van FC Den Bosch was het 42ste jaar in het bestaan van deze Nederlandse betaaldvoetbalclub uit de gelijknamige stad. De club kwam uit in de Eerste Divisie en nam deel aan het toernooi om de KNVB beker. Onder leiding van interim-coach Fred van der Hoorn eindigde FC Den Bosch op de negende plaats in de eindrangschikking. In het bekertoernooi verloor de club in de derde ronde van SBV Excelsior. Van der Hoorn werd aangesteld als tijdelijk opvolger van Theo Bos, nadat deze op 3 januari 2009 was overgestapt naar Vitesse. Aanvallende middenvelder Adnan Barakat, overgekomen van Cambuur Leeuwarden, maakte de meeste doelpunten van de selectie: hij scoorde dertienmaal.