Apostel publiceerde een groot aantal boeken en werd bekroond met de Solvay-prijs voor humane wetenschappen 1985 en de Arkprijs van het Vrije Woord in 1988.
Apostel was een groot pleitbezorger van interdisciplinair onderzoek en het overbruggen van de kloof tussen de exacte en de humane wetenschappen. In dat kader richtte hij met Jan Van der Veken in 1990 de groep Worldviews op. Het interdisciplinair onderzoekscentrum CLEA aan de VUB werd naar hem genoemd.
Zijn opvattingen over atheïstischespiritualiteit kenden veel weerklank. Over de vrijmetselarij publiceerde hij onder meer de boeken: Freemasonry: A Philosophical Essay (1985) (vertaald: Vrijmetselarij, een wijsgerige benadering (1992)) en Atheïstische spiritualiteit in 1998. In deze boeken heeft hij zijn persoonlijke evolutie binnen de vrijmetselarij beschreven, die leidden van een optimistische intrede tot een pessimistische visie over de toekomst van de vrijmetselaarsgenootschappen.
Apostel schreef zo'n 20 boeken en 100 artikelen in het Nederlands, Frans en Engels. Enkele van zijn publicaties:
Logika en geesteswetenschappen, Brugge: De Tempel, 1959
De humanismen en het humanisme, Antwerpen: Humanistisch Verbond, Diogenes Cahiers 5, 1964
Met Marcel Bots: Pluralisme en verdraagzaamheid, Antwerpen: De Nederlandsche Boekhandel, 1966
Matière et Forme: introduction à une épistemologie realiste, Gent: Communication & Cognition, 1974
Met Fernand J. Vandamme: Formele logika. 1. Klassieke systemen, Kapellen: De Sikkel, 1975
Déterminants sociologiques de la méthodologie scientifique, Marseille: Université de Provence, 1977
Logique et Dialectique, Gent: Communication & Cognition, 1979
Communication et Action, Gent: Communication & Cognition, c.1979
Theory of knowledge and science policy, Gent: RUG, 1980
African philosophy: myth or reality?, Gent: Story-Scientia, 1981
Religious atheism?, Gent: Story-Scientia, 1982
Afbraak en Opbouw: dialogen met Leo Apostel (redactie: Koen Raes en Jaak Van Landschoot), Brussel: VUBPress, 1984
Freemasonry: a philosophical essay, Brussel: VUB, 1985
Met Jaak Vanlandschoot: Interdisciplinariteit, wereldbeeldenkonstructie en diepe verspreiding als tegenzetten in een kultuurkrisis, Brussel: VUB, 1988
Atheïstische spiritualiteit, s.l.: School voor comparatieve filosofie, 1990
Met Jan Van der Veken: Wereldbeelden: van fragmentering naar integratie, Kapellen: DNB/Pelckmans, 1991
Gebroken Orde: de vergeten toekomst van de filosofie, Leuven: Kritak, 1992
Vrijmetselarij. Een wijsgerige benadering, Antwerpen: Hadewijch, 1992
Waarde en zin van de cultuurwetenschappen in de twintigste eeuw, Kapellen: DNB/Pelckmans, 1993
Wereldbeelden: ontologie en ethiek, Antwerpen, 1994
Postuum:
Levend sterven: Leo Apostel (bezorgd door Anneleen Van de Berge), Brussel: VUBPress, 2000
Natuurfilosofie: voorbereidend werk voor een op de fysica gebaseerde ontologie (bezorgd en voorzien van aantekeningen door Wim Christiaens), Brussel: VUBPress, 2000
Oorsprong: inleiding tot een metafysica van het ontstaan van mens, leven en heelal (bezorgd en voorzien van aantekeningen door Wim Christiaens), Brussel: VUBPress, 2000
Population, développement, environnement: pour des regards interdisciplinaires, Louvain-la-Neuve: Academia-Bruylant, 2001
Zoektocht naar eenheid in verscheidenheid: zes opstellen over metafysica bezorgd door Ruth Loos), Brussel: VUBPress, 2002
Ingrid Van Dooren & Leo Apostel, The Philosophy of Leo Apostel: A life history. Communication and Cognition, 1989.
