Er zijn (slechts) zeven kerkorgels gedocumenteerd die van zijn hand zijn. Daarnaast heeft hij acht huisorgels gebouwd. De volgende orgels zijn van hem bekend:

Het orgel van de Vermaning te Zaandam uit 1784.
Het orgel van de Hervormde Kapel te Hoorn uit 1784, in 2004 aangekocht door de Protestantse Gemeente van Workum.
Het orgel van de Oudkatholieke Kerk aan de Kinderhuissingel te Haarlem uit 1785, in 1973 in gebruik genomen. Voordien stond het in de Gereformeerde Maranathakerk te Driebergen.
Het orgel in de Hervormde Kerk van Dirksland uit 1803.
Het orgel in de Gereformeerde Kerk De Korenaar (thans behorend tot de PKN) te Hazerswoude-Dorp.
Een kabinetorgel uit 1785 in de Waalse Pieterskerk te Utrecht.
Het kabinetorgel in de Sint-Servaaskapel (dagkapel) van de Sint-Servaasbasiliek te Maastricht.
Een secretaireorgel uit 1802 in het gemeenschapshuis Concordia te Maasdijk.

Zie de categorie Johannes Petrus Künckel van Wikimedia Commons voor mediabestanden over dit onderwerp.

Orgels