Nesser werd in de jaren 90 bekend door zijn bekroonde misdaadromans met inspecteur Van Veeteren in de hoofdrol. De romans spelen zich af in Maardam in een fictief Europees land, met onder andere opvallende trekjes van Nederland en/of Vlaanderen, waar inspecteur Van Veeteren met zijn collega's wordt ingeschakeld om een moeilijke moordzaak op te helderen.
Van Veeteren is een menselijke politieman: de vraag waarom een misdaad begaan is, is voor hem ook zeer belangrijk.
In 2003 verscheen het laatste deel uit de reeks over inspecteur Van Veeteren: Fallet G.
De romans met Van Veeteren werden verfilmd met Sven Wolter als Van Veeteren.
Nesser heeft ook een aantal opzichzelfstaande boeken geschreven, zoals Kim Novak badade aldrig i Genesarets sjö (1998) en och Piccadilly Circus ligger inte i Kumla (2002).
En främling knackar på din dörr: och två andra brottstycken från Maardam med omnejd (2022)
Schack under vulkanen (2021); (Inspecteur Barbarotti 8)
Den sorgsne busschauffören fran Alster (2020); (Inspecteur Barbarotti 7) Herfst op Gotland, 2021, vertaald door Ydelet Westra
Halvmördaren (2019)
De vänsterhäntas förening (2018); (Commissaris van Veeteren 11/Inspecteur Barbarotti 6) De vereniging van linkshandigen, 2019, vertaald door Bart Kraamer
Intrigo (2018); Intrigo, 2018, vertaald door Ydelet Westra
Eugen Kallmanns ögon (2016);
Nortons filosofiska memoarer, hundbok (2016); De memoires van Norton, filosoof en hond, 2017, vertaald door Ydelet Westra
Elva dagar i Berlin (2015)
Levande och döda i Winsford (2013); De levenden en de doden in Winsford, (2016), vertaald door Ydelet Westra
Styckerskan från Lilla Burma (2012); (Inspecteur Barbarotti 5) De slager van Klein Birma, 2014, vertaald door Ydelet Westra
Herr Kadar (2014)
Himmel över London (2011); Hemel boven Londen, 2015, vertaald door Ydelet Westra
Hur jag tillbringar mina dagar och mina nätter (2010);
De ensamma (2010); (Inspecteur Barbarotti 4) De eenzamen, 2013, vertaald door Ydelet Westra
Maskarna på Carmine Street (2009); De stilte na Sarah, 2011, vertaald door Ydelet Westra
Sanningen i fallet Bertil Albertsson?: Vitbok (2008);
Berättelse om herr Roos (2008); (Inspecteur Barbarotti 3) Het tweede leven van meneer Roos, 2013, vertaald door Anna Ruighaver
En helt annan historia (2007); (Inspecteur Barbarotti 2) Een heel ander verhaal, 2012, vertaald door Ydelet Westra
Människa utan hund (2006); (Inspecteur Barbarotti 1) De man zonder hond, 2012, vertaald door Ydelet Westra
Från doktor Klimkes horisont (2005)
Skuggorna och regnet (2004)
Fallet G (2003);(Commissaris Van Veeteren 10) Van Veeteren en de zaak G., 2008, vertaald door Edith Sybesma
Kära Agnes (2002); Valse Vriendinnen, 2006
Och Piccadilly Circus ligger inte i Kumla (2002);
Svalan, katten, rosen, döden (2001); (Commissaris Van Veeteren 09) De zwaluw, de kat, de roos en de dood, 2008, vertaald door Axel Vandevenne
Ewa Morenos fall (2000); (Commissaris Van Veeteren 08) De dode op het strand, 2008, vertaald door Edith Sybesma
Flugan och evigheten (1999)
Carambole (1999); (Commissaris Van Veeteren 07) Carambole, 2007, vertaald door Edith Sybesma
Münsters fall (1998); (Commissaris Van Veeteren 06) De zaak van Münster, 2006, vertaald door Edith Sybesma
Kim Novak badade aldrig i Genesarets sjö (1998); De zomer van Kim Novak, 2009, vertaald door Edith Sybesma
Kommissarien och tystnaden (1997); (Commissaris Van Veeteren 05) De commissaris en het zwijgen, 2004, vertaald door Edith Sybesma
Ormblomman från Samaria (1997);
Kvinna med födelsemärke (1996); (Commissaris Van Veeteren 04) De vrouw met de moedervlek, 2002, vertaald door Clementine Luijten
Barins triangel (1996);
Återkomsten (1995); (Commissaris Van Veeteren 03) De terugkeer, 2003, vertaald door Edith Sybesma
Borkmanns punkt (1994); (Commissaris Van Veeteren 02) Het vierde offer, 2000, vertaald door Clementine Luijten
Det grovmaskiga nätet (1993); (Commissaris Van Veeteren 01) Het grofmazige net, 2001, vertaald door Clementine Luijten
Koreografen (1988);
Voor het boek Det grovmaskiga nätet (1993) ontving Håkan Nesser de prijs voor het beste debuut van de Svenska Deckarakademien.