पुनाखा पुनाखा जिल्लाको सदरमुकाम हो। पुनाखा भुटानको राजधानी थियो, यद्यपि, सन् १९५५ मा भुटानको राजधानी थिम्पुमा सारिएको थियो। यो थिम्पुबाट करिब ७२ किलोमिटर टाढा छ, र राजधानी थिम्पुबाट कारबाट करिब ३ घण्टा लाग्छ।