Keisomeran struktur ialah sejenis bentuk keisomeran yang mana molekul-molekul dengan formula molekul yang sama mempunyai atom-atom yang diikatkan dalam susunan yang berbeza, iaitu bertentangan dengan kestereoisomeran.
Keisomeran struktur boleh dibahagikan kepada:
Keisomeran rantai: Isomer-isomer rantai mempunyai komponen-komponen rantai yang disusun dengan cara yang berbeza untuk mencipta struktur yang berlainan. Umpamanya, 3-metilpentan ialah isomer 2-metilpentan. Pentana wujud dalam tiga bentuk isomer: n-pentana, isopentana dan neopentana.
Keisomeran kedudukan: Isomer-isomer kedudukan wujud apabila sebuah kumpulan fungsian mengubahkan kedudukannya dalam rantai. Dalam gambar rajah, 2-hydroksipentana telah menjadi 3-hydroksipentana. Banyak isomer aromatik wujud kerana kandungannya boleh ditempatkan pada bahagian-bahagian cecincin benzena yang berbeza. Hanya terdapat satu isomer fenol yang tunggal, iaitu hydroksibenzena, tetapi terdapat kresol (metilfenol) yang mana kumpulan metil tambahan dapat ditempatkan pada tiga kedudukan yang berbeza dalam cecincin untuk menghasilkan tiga isomer. Xilenol mempunyai satu kumpulan hydroksil dan dua kumpulan metil untuk menghasilkan sejumlah enam isomer.
Keisomeran kumpulan fungsian:: Dalam keisomeran ini, satu kumpulan fungsian berpisah untuk menjadi kumpulan yang lain. Umpamanya, sikloheksana dan 1-Heksena mempunyai formula C6H12 yang sama. Kedua-dua ini dianggap sebagai isomer-isomer kumpulan fungsian kerana sikloheksana ialah alkana manakala 1-Heksena ialah alkena dan oleh itu, harus mempunyai formula molekul yang sama.