CATH базата на податоци за структурна класификација на белковините е бесплатен, јавно достапен онлајн ресурс кој дава информации за еволутивните односи на белковинските домени. Оваа база на податоци била создадена во средината на 1990-тите години од страна на професор Кристин Орегно и соработниците, вклучувајќи ги Џенет Торнтон и Дејвид Џоунс,[1] а продолжува да биде развивана од страна на групата на Орегно при Лондонскиот универзитетски колеџ. CATH има многу сличности со SCOP базата на податоци, сепак постојат многу области во кои деталната класификација драстично се разликува меѓу нив.[2][3][4][5]
 | |
| Содржина | |
|---|---|
| Опис | Класификација на белковински структури |
| Контакт | |
| Истраж. центар | Лондонски универзитетски колеџ |
| Лабораторија | Институт за структурна и молекуларна биологија |
| Воведена | 1997 |
| Пристап | |
| Мреж. место | cathdb.info |
| URL за преземање | cathdb.info/download |
| Алатки | |
| Разно | |
| Честота на објавување | CATH-B се објавува дневно. Официјалните објавувања се еднаш годишно. |
| Верзија | 4.1 |
Хиерархиска организација
Експериментално-добиените тридимензионални структури на белковините се земаат од PDB (Protein Data Bank). Потоа се идентификуваат белковинските домени во рамките на еден полипептиден синџир со користење на комбинација од автоматизирани методи и мануелна инспекција.
Домените потоа се класифицираат во рамките на CATH структурната хиерархија: на нивото на класа (C), домените се класифицираат според нивната содржина на елементите на вторичната структура во групите исклучиво-алфа, исклучиво-бета, мешавина од алфа и бета и мала содржина на вторична структура; на нивото на архитектурата (A), домените се класифицираат според аранжманот на вторичните структури во тридимензионален простор; на нивото на топологија/склоп (T), се користат информациите за тоа како елементите на вторичната структура се поврзани и организирани; на нивото на хомологно натсемејство (H), домените се класифицираат ако постои добар доказ дека се еволутивно сродни,[1] т.е. хомологни.
| # | Ниво | Опис |
|---|---|---|
| 1 | Класа | Севкупната содржина на вторични структури на доменот (Еквивалентно на нивото Класа во SCOP) |
| 2 | Архитектура | Голема структурна сличност, но нема докази за хомологија (Еквивалентно на нивото Склоп во SCOP) |
| 3 | Топологија/склоп | Групирање на топологии кои споделуваат одредени структурни одлики |
| 4 | Хомологно натсемејство | Поседуваат докажана еволутивна сродност (Еквивалентно на нивото Натсемејство во SCOP) |
Објавувања
Тимот на CATH има за цел да обезбеди официјални објавувања на CATH класификацијата на секои 12 месеци.
Најновата верзија на CATH-Gene3D (v4.1), била објавена во јули 2016 година и се состои од:
Наводи
Wikiwand in your browser!
Seamless Wikipedia browsing. On steroids.
Every time you click a link to Wikipedia, Wiktionary or Wikiquote in your browser's search results, it will show the modern Wikiwand interface.
Wikiwand extension is a five stars, simple, with minimum permission required to keep your browsing private, safe and transparent.
