- Įsteigta 1999 m. lapkričio 11 d. Lietuvos Respublikos Vyriausybės nutarimu Nr. 1266 „Dėl Nacionalinės mokėjimo agentūros prie Žemės ūkio ministerijos įsteigimo”.[4][5] Pirmasis darbuotojas – Saulius Silickas, vėlesnis įstaigos vadovas. Įsteigus Agentūrą, joje dirbo 12 darbuotojų.
- 2000 m. spalio 5 d. LR žemės ūkio ministro įsakymu paskirtas pirmasis Agentūros direktorius – Evaldas Zigmas Čijauskas.
- Pagrindinis Agentūros tikslas veiklos pradžioje buvo SAPARD paramos administravimas. Teisę savarankiškai administruoti šią paramą Europos Komisija suteikė 2001 m. lapkričio 26 d. Pirmieji paraiškų rinkimai prasidėjo 2001 m. gruodį, o pirmoji paramos teikimo sutartis pasirašyta 2002 m. sausį su Šiaulių rajono ŽŪKB "Raupaičių ūkis“.
- 2003 m. spalio 16 d. LR žemės ūkio ministro įsakymu Agentūros direktoriaus pareigas pradėjo eiti Valentinas Miltienis, prieš tai ėjęs Agentūros Finansų ir apskaitos departamento direktoriaus pareigas.
- 2004 m. Lietuvai įsiliejus į Europos Sąjungos erdvę, prasidėjo naujas, daug sudėtingesnis Agentūros veiklos etapas – Europos Sąjungos bendrosios žemės ūkio politikos priemonių administravimas. Pradėta administruoti parama pagal Kaimo plėtros 2004–2006 m. plano, Lietuvos 2004–2006 m. bendrojo programavimo dokumento Kaimo plėtros ir žuvininkystės prioriteto priemones. Nuo 2004 m. taikoma ir vienkartinės tiesioginės išmokos už plotus schema.
- 2005 m. balandžio 28 d. Agentūros direktoriaus pareigas pradėjo eiti Saulius Silickas, nuo pat Agentūros įsteigimo ėjęs direktoriaus pavaduotojo pareigas.
- 2007 m. prasidėjo finansinis 2007–2013 m. laikotarpis. Kartu pradėta įgyvendinti ir naująją Lietuvos kaimo plėtros 2007–2013 m. programą. Pagal šią programą iš viso skirta 7,9 mlrd. litų paramos.
- 2008 m. gruodžio 31 d. baigta mokėti paramą iš Kaimo plėtros 2004–2006 m. planui skirtų lėšų, o 2009 m. birželio 30 d. baigta mokėti Lietuvos 2004–2006 metų bendrojo programavimo dokumento IV prioritetui skirtą paramą.
- 2009 m. gegužės 5 d. Agentūrai išduotas sertifikatas, patvirtinantis informacijos saugumo valdymo sistemos atitiktį standarto ISO/IEC 27001:2005 reikalavimams.
- 2009 m. gruodžio mėn. inicijuotas Bendrojo vertinimo modelio taikymo Agentūroje procesas. Tai įsivertinimo ir tobulinimo metodas, savo turiniu artimas daugumai visuotinės kokybės vadybos modelių, bet pritaikytas būtent viešojo sektoriaus organizacijoms, atsižvelgiant į esminius jų skirtumus.
- 2010 m. Agentūroje įdiegta Kokybės vadybos sistema, paremta LST EN ISO 9001:2008 standartu. Kokybės vadybos sistema taikoma administruojant valstybės pagalbos ir Europos Sąjungos paramos žemės ūkiui, kaimo plėtrai ir žuvininkystei lėšas, atliekant jų mokėjimo ir kontrolės funkcijas. Ši sistema padeda nuolat gerinti teikiamų paslaugų kokybę, tobulinti taikomus veiklos metodus, taip gerinant vykdomos veiklos rezultatyvumą ir efektyvumą.
- 2011 m. vasario 1 d. įvykus didžiausiai Agentūros istorijoje restruktūrizacijai, įsigaliojo nauja Agentūros struktūra. Struktūrinių pokyčių tikslas – efektyvesnis paramos žemės ūkiui, kaimo plėtrai ir žuvininkystei administravimas.
- 2012 m. Agentūra pelnė Nacionalinį kokybės prizą stambių įmonių kategorijoje. Nacionalinio kokybės prizo konkursą organizuoja Lietuvos Respublikos ūkio ministerija ir Kokybės taryba.
- 2013 m. Agentūrai skirtas Europos žinių prizas. Europos žinių prizu įvertinamos Europos Sąjungos institucijų pastangos padėti savo darbuotojams tobulinti ir gilinti profesines žinias.
Agentūros struktūra: Vadovybė, 11 departamentų ir 3 savarankiški skyriai. Agentūroje yra 862 etatai.
Vadovai
- 2000–2003 m. Evaldas Zigmas Čijauskas (g. 1954)
- 2003–2005 m. Valentinas Miltienis (g. 1960)
- 2005–2013 m. Saulius Silickas (g. 1975)
- 2014–2019 m. Erikas Bėrontas (g. 1983)[6]
