Akvatorija (lot. aqua 'vanduo' + territorium 'teritorija') – tam tikras natūralaus arba dirbtinio vandens baseino (jūros) plotas.
Paprastai skiriama:
- natūralios akvatorijos (vandenyno akvatorija, jūros akvatorija, įlankos akvatorija)
- dirbtinės akvatorijos (uosto akvatorija)