셰퍼드 제도(영어: Shepherd Islands)는 바누아투의 셰파주에 위치한 제도로, 에피섬과 에파테섬 사이에 위치한다. 면적은 88km2, 인구는 3,634명(2009년 기준)이다. 최고점은 에마에섬(Emae)에 있는 마웅가라시산(Maunga Lasi)이며, 해발 644m이다.