일본 국립천문대의 임무는 일본 전국의 천문학자들을 위한 최고 수준의 연구 시설을 건설하고 운영하며 국제 연구를 실현시키는 것이다. 스바루망원경은 일본 국립천문대가 구비한 연구 시설 가운데 하나이며, 일본 국립천문대의 광학/근적외선부, 오카야마 천체물리 연구소(이곳도 역시 광학/근적외선 관측), 일본 국립천문대의 미타카(三鷹) 본부(천문 데이터 처리센터, 고등 기술 센터, 홍보센터)와 깊은 연관을 맺고 있다. 본부는 도쿄도미타카시의 미타카 캠퍼스 내에 있다.
현재의 프로젝트
미즈사와 VERA 관측소 - 관측소장: 고바야시 히데유키
노베야마 전파 관측소 - 관측소장: 쯔보이 마사토
태양 관측소 - 관측소장: 스에마쯔 요시노리
오카야마 천체물리 관측소 - 관측소장: 요시다 미치토시
스바루망원경(하와이 관측소) - 관측소장: 하야시 마사히코
수치천체물리학센터 - 연구소장 마키노 주니치로
개발중인 프로젝트
ALMA(Atacama Large Millimeter/submillimeter Array)- 책임자: 이시구로 마사토
TAMA(중력파 검출 안테나) - 책임자: 후지모토 마사카쯔
Solar-B 프로젝트 대장 - 책임자: 쯔네타 사쿠
RISE(Research In SElenodesy) - 책임자: 사사키 쇼
차세대 프로젝트
우주 VLBI 프로젝트 - 책임자: 아노우에 마코토
JASMINE(Japan Astrometry Satellite Mission for INfrared Exploration) 프로젝트 - 책임자: 고우다 나오테루
MIRA(Mitaka optical/InfraRed Array) 책임자:요시자와 마사노리
4차원 디지털 우주 프로젝트 - 책임자: 마키노 주니치로
VWFI-HOP(Very Wide Field Imager for the Hubble Origins Probe) 프로젝트 - 책임자: 쯔네타 사쿠
ELT(Extremely Large Telescope) 프로젝트 - 책임자:이예 마사노리
Extrasolar Planet Detection 프로젝트 - 책임자:타무라 마토히데
천문 데이터 센터 - 책임자: 미즈모토 요시히코
고등 기술 센터 - 센터장: 쯔네타 사쿠
대중 홍보 센터 - 센터장: 와타나베 주니치
광학 적외선 천문학 연구부 - 부장: 안도 히로야스
전파천문학 연구부 - 부장: 마나베 세이지
태양 및 플라즈마 천체물리학 연구부 - 부장: 와타나베 테쯔야
이론천문학 연구부 - 부장: 토미사카 코지
부장: 아마가사 히토시
제1대 고자이 요시히데(古在由秀) (1928년4월1일~ ) 1988~1994년 재임. 도쿄 출신의 천문학자. 도쿄대학 이학박사. 천체역학 전공.
제2대 고다이라 게이니치(小平桂一)(1937년2월20일~ ) 1994~2000년 재임. 도쿄 출신의 천문학자, 이학박사. 도쿄대학, Keel대학 박사. 항성천문학, 은하천문학 전공.
제3대 가이후 노리오(海部宣男) (1943년9월21일~ ) 2000년4월~2006년 재임. 도쿄대학 박사. 전 일본총리 가이후는 그의 친형.
제4대 미야마 쇼우겐(観山正見) (1951년5월22일~ ) 2006~현재 재임. 히로시마현 출신, 쿄토대학 물리학과 박사. . 천문학자, 천체물리학자. 항성 및 행성계의 형성 과정 전공.