レポーター遺伝子(レポーターいでんし)とは、ある遺伝子が発現しているかどうかを容易に判別するために、その遺伝子に組換える別の遺伝子のこと。緑色蛍光タンパク質(GFP)が有名。
組換えDNA技術によって作成された組換え遺伝子が、いつどこでどのくらいできているのかを比較的簡単に確認できるようにレポーター遺伝子が使用される。
通常、レポーター遺伝子自体には可視化する以外の機能は想定されていないことになっている。様々な生物の遺伝子がプロモーターの活性や蛋白質の挙動を知るためのレポーター遺伝子として利用されている。