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アップジョン社(英: Upjohn)は、ミシガン大学医学部を1875年に卒業したウィリアム・E・アップジョン博士によって、1886年にミシガン州カラマズーに設立された医薬品製造会社。当初は、消化しやすいように設計された「砕けやすい錠剤」を作るために設立された。
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1995年、アップジョン社はヨーロッパを本拠地とするファルマシア社と合併し、ファルマシア・アップジョン社となった。その後、2003年に経営統合により、会社はファイザー社の一部となり、2020年更に分社化されヴィアトリス製薬となっている。
アップジョンは、1952年、副腎ステロイドのコルチゾンの大規模生産の工程を開発した。それまでにコルチゾンを調製する唯一の方法は、胆汁から分離されたコール酸から長い工程の合成が必要であった。 その後、同社はSchering社と共同して、細菌発酵によってコルチゾンをより強力なステロイドであるプレドニゾンに生化学的に変換することに成功。 ファイザーがファルマシア・アップジョン社を買収する前のアップジョンの最も有名な薬は睡眠導入剤のハルシオン。
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