アリゲイニー郡 は、アメリカ合衆国ニューヨーク州の南西部に位置する郡である。2010年国勢調査での人口は48,946人であり、2000年の49,927人から2.0%減少した。郡庁所在地はベルモント村（人口969人）であり、同郡で人口最大の都市はウェルズビル村（人口4,679人）である。郡名はアレゲニー川に沿った道から採られており、元々はレナペ族インディアンの言葉から西ニューヨーク開拓者が名付けた。