コウモリYangochiropteraと陰翼手下目Yinochiropteraの2グループが置かれていた。2001年に分子系統によって、小翼手亜目は側系統であり、小翼手亜目の一部はオオコウモリ科に近縁であることがわかった。その系統に基づき、翼手目をYangochiroptera
ココウモリ基本的には虫食性だが、花蜜食、魚食、肉食、雑食などの種もおり、オオコウモリに対して多様性は大きい。 小翼手亜目は、1985年に陽翼手下目Yangochiropteraと陰翼手下目Yinochiropteraに分けられ、それらがさらに上科・科に分けられてきた。またそれ以外に、サシオコウモリ上科サシオコウモリ科が所属下目不明とされていた。
オオコウモリ2001年の研究では、オオコウモリ亜目とコウモリ亜目は進化関係を正確に反映していないことが判明し、新しい亜目である陽翼手亜目 Yangochiroptera と陰翼手亜目 Yinpterochiroptera が提唱された。この分類体系はその後数回検証され、広く支持されるようになった。20
ヒナコウモリ科脊椎動物亜門 Vertebrata 綱 : 哺乳綱 Mammalia 目 : コウモリ目(翼手目) Chiroptera 亜目 : 陽翼手亜目 Yangochiroptera 上科 : ヒナコウモリ上科 Vespertilionoidea 科 : ヒナコウモリ科 Vespertilionidae
ナミチスイコウモリVertebrata 綱 : 哺乳綱 Mammalia 亜綱 : 獣亜綱 Theria 目 : コウモリ目 Chiroptera 亜目 : 陽翼手亜目 Yangochiroptera 下目 : ウオクイコウモリ下目 上科 : ウオクイコウモリ上科 Noctilionoidea 科 : ヘラコウモリ科 Phyllostomidae