セントオーガスティンは1565年8月28日、スペイン軍元帥、ペドロ・メネンデス・デ・アビレス(Pedro Menéndez de Avilés)によって建設された。その日がヒッポのアウグスティヌスの命日であったことから、市はこの聖人の名にちなんでサン・アグスティン(San Agustín)と名付けられた。
は、フアン・ポンセ・デ・レオン・イ・ロアイザや近隣のサンジェルマンからやって来たポルトガル人のドン・ペドロ・ロドリゲス・デ・グズマン (Don Pedro Rodríguez de Guzmán) らがいた。 1692年9月17日、スペイン王のカルロス2世は、チャペルを小教区に変更する勅許 (Cédula