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I-TASSER
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分子置換
De novoタンパク質構造予測の向上に伴い、MR-Rosetta、QUARK、AWSEM-Suite、
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TASSER
-MRなどの多くのプロトコルが、分子置換による位相問題の解決に有用なネイティブに近いデコイ構造を大量に生成することができるようになった。
Rosetta@home
Rosetta@homeが構造予測にRosettaプログラムを使用していたのに対し、Predictor@homeはd
TASSER
の手法を使用していたが、2009年にPredictor@homeは閉鎖された。 Rosetta@home
De novoタンパク質構造予測
Zhang Y (Aug 2011). “Automated protein structure modeling in CASP9 by
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TASSER
pipeline combined with QUARK-based ab initio folding and FG-MD-based structure
タンパク質構造予測
initio法、二次構造予測、膜貫通ヘリックスおよびシグナルペプチド予測などがある。CASP実験に基づいて最近の成功した手法には、
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TASSER
(英語版)、HHpred(英語版)、AlphaFoldなどがある。完全なリストはメイン記事(英語版)を参照のこと。
タンパク質工学
リングと最適化によりコンパクトな構造に組み上げ、ポテンシャルエネルギーが最も低くなることを目標とする。フラグメント情報のウェブサーバとしては、
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TASSER
、ROSETTA、ROSETTA@home、FRAGFOLD、CABS fold、PROFESY、CREF、QUARK、UNDERTAKER、HMM、ANGLOR:72がある。