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HHpred
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スレッディング (タンパク質)
とする手法(タンパク質構造アライメント(英語版))と比較するのは興味深いことであり、実際、同じアルゴリズムの多くが両方の問題に適用されている。
HHpred
(英語版)は、隠れマルコフモデルのペアワイズ比較に基づき、遠隔の相同性を検出するために広く使用されているソフトウェアHHsearch(英語版)を
タンパク質構造予測
initio法、二次構造予測、膜貫通ヘリックスおよびシグナルペプチド予測などがある。CASP実験に基づいて最近の成功した手法には、I-TASSER(英語版)、
HHpred
(英語版)、AlphaFoldなどがある。完全なリストはメイン記事(英語版)を参照のこと。 CASPは、1994年から2年ごとに行われているタン
タンパク質工学
ReformAlign, PyMOD, TIP-STRUCTFAST, COMPASS, 3d-PSSM, SAMT02, SAMT99,
HHPRED
, FAGUE, 3D-JIGSAW, META-PP, ROSETTA, I-TASSER. タンパク質スレッディングは、問い合わせ配列の信頼