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パラトープ(英: paratope)は、抗原結合部位(こうげんけつごうぶい、英: antigen-binding site)とも呼ばれ、抗体が抗原を認識して結合する部分である[1][2]。これは、抗体の抗原結合フラグメントの先端にある小さな領域で、抗体の重鎖と軽鎖の一部が含まれている[1][2]。各パラトープは、6つの相補性決定領域(軽鎖と重鎖からそれぞれ3つずつ)から構成されており、反平行βシートの折りたたみから伸びている[2]。Y字型の抗体の各アームの先端には、同一のパラトープがある[2]。
パラトープは、抗原のエピトープに結合して接触するB細胞受容体の部分を構成する[2]。1つのB細胞上のすべてのB細胞受容体は、同一のパラトープを持っている[2]。パラトープはその特有性により、1つのエピトープにのみ高親和性で結合することができ、その結果、各B細胞は1つのエピトープにしか応答できない。B細胞受容体のパラトープがその特異的なエピトープに結合することは、適応免疫応答の重要なステップである。
パラトープのデザインや構造は、種によって大きく異なる。顎口上綱(顎のある脊椎動物)では、V(D)J遺伝子再構成により、数十億もの異なるパラトープが発生する可能性がある[3][4]。ただし、パラトープの量は、V、D、J各遺伝子の構成と抗体の構造によって制限を受ける[3]。そのため、多くの異なる種がこの制限を回避する方法を開発し、可能なパラトープの多様性を高めてきた。
牛では、非常に長い相補性決定領域がパラトープの多様化に不可欠な役割を果たしていると考えられている[3][5]。さらに、ニワトリもウサギの両方が、可能なパラトープの数を増やすために遺伝子変換を行っている[3]。
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