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好アルカリ菌(こうアルカリきん、Alkaliphile)は、至適生育pHが9以上の微生物である。好アルカリ菌は以下の2群にさらに細かく分割することができる。
pH9以上で生育することはできるが至適生育pHが9未満であるものは、アルカリ耐性菌として区別される。
好アルカリ菌が生産する菌体外酵素は、pHがアルカリ側でも活性を示し安定であるために、工業的利用価値の高いものが存在する。たとえば、アルカリプロテアーゼやアルカリセルラーゼはアルカリ性の洗剤中でも活性が失われないことから洗剤の添加剤として利用されている。
また、好アルカリ菌は生育するために高pH条件とともにナトリウムイオンを要求する。中性細菌は栄養分の取り込みに周りにふんだんに存在する水素イオンを利用しているが、pHが高いと水素イオンが少ないために好アルカリ菌は代わりにナトリウムイオンを利用している。また周りの水素イオンが少ないということは、ピーター・ミッチェルによって提唱された化学浸透圧説に基づくプロトン駆動力を形成することが困難であるため、独自のアルカリ適応機構を持ったATP合成システムを持っていると考えられている。
土壌をはじめ、工業排水中やソーダ湖など自然界に広く分布する。
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