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メチルブルー(Methyl Blue)は、C37H27N3Na2O9S3の化学式で表される化合物である。コットンブルー(Cotton blue)、ヘルベチカブルー(Helvetia blue)、アシッドブルー93(Acid blue 93)、C.I. 42780などの別称がある。メチルブルーは組織学的な研究の際に、膠原線維などの結合組織やコラーゲンを青く染める染料として用いられる。メチルブルーは水溶性で、エタノールにも多少溶ける。アザン・マロリー染色などで、膠原線維を青く染色する際に用いることがある。
メチルブルーは細菌の細胞壁を染色するのにも用いられる。またメチルブルーとウォーターブルーを混合することで、マッソン・トリクローム染色などに用いられるアニリンブルーWS(アニリンブルー、チャイナブルー)として使用されることもある。そのほか、タリウムと結合する性質を利用して、タリウム汚染の判別にも用いられる。
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